Населенный пункт был основан в 1825 году на месте бывшего военного укрепления - Баталпашинского казачьего редута, носившего это название с 1804 года на том основании, что 14-ю годами ранее, в сентябре 1790 года, армией генерала Ивана Германа здесь была разбита армия турецкого сераскира Батал-Паши.
Первоначальное название населенного пункта - станица Баталпашинская — редчайший случай, когда населённый пункт был назван в честь побежденного, а не победителя. Спустя почти четверть века станица была переименована в город Баталпашинск, а еще через год, 16 июня 1922 года, Постановлением Президиума ВЦИК Баталпашинск был официально переименован в губернский город объединенной Карачаево-Черкесской автономной области, став ее административным центром.
В 1934 году Баталпашинск был преобразован в город Сулимов в честь председателя Совнаркома РСФСР Д. Сулимова. Спустя три года Сулимов был репрессирован, город стал называться Ежово-Черкесск, в честь наркома внутренних дел Н. Ежова. В 1939 году Ежов был арестован, а за городом сохранилась лишь вторая часть названия — Черкесск, которое с тех пор не менялось. В конце тридцатых годов в городе открылось первое в Карачаево-Черкесии крупное промышленное предприятие — чугуно-литейная мастерская, ныне это завод холодильного машиностроения.
Во время Великой Отечественной войны Черкесск был оккупирован 11 августа 1942 года, освобожден 17 января 1943 года. Сотни горожан добровольно ушли на фронт в ряды конных корпусов генералов Доватора, Осликовского, Кириченко. В период оккупации сформированы Черкесский городской и районный партизанские отряды, которые в составе партизанского объединения приняли на себя первые удары отборных регулярных частей немецкой дивизии «Эдельвейс». В честь героев войны И. Лободина, Х. Богатырева, И. Лаара, О. Косаева, Д. Старикова и других ныне названы улицы города. Памяти защитников и освободителей Черкесска посвящен монумент «Огонь Вечной Славы» в парке Победы, памятник воинам Советской Армии возле братской могилы.
В 1956 году был разработан генеральный план застройки города, согласно которому Черкесск условно разделили на три микрорайона. Центральный, как видно из названия, представляет собой промышленно-транспортный, административно-хозяйственный и культурный центр города, где сосредоточены наиболее крупные общественные здания — республиканская и городская администрации, Главпочтамт, Драматический театр и прочее. Северный микрорайон — в основном промышленный, а южный — район новостроек и индивидуальных домов.
С 1957 года Черкесск — центр Карачаево-Черкесской автономной области, а в 1991 он официально получил статус столицы Карачаево-Черкесской Республики.
В 2001 году депутаты городской Думы, рассмотрев более тридцати вариантов, утвердили герб Черкесска, автором которого стал системный администратор общего отдела администрации города Дмитрий Косарев.
Герб представляет собой красный щит, в вершине которого четыре квадратных зубца — память о том, что станица Баталпашинская, на месте которой появился впоследствии Черкесск, была основана как рубеж, призванный сдерживать врагов. В центре щита — золотая стела, монумент, установленный у центрального входа в парк культуры и отдыха «Зеленый остров» и олицетворяющий вечную дружбу живущих вместе народов. Внизу — три голубые полоски - три реки, протекающие через город: Кубань, Абазинка и Овечка.
Современный Черкесск — это развивающийся город общей площадью 69,8 кв. километров с населением 126,2 тысяч человек – представителей более 80 национальностей. Из них пять – субъектообразующие. Это русские, карачаевцы, черкесы, абазины и ногайцы.
Железнодорожной веткой Черкесск связан с Невинномысском, автомобильными дорогами — с Краснодаром, Невинномысском и Пятигорском.
Черкесск занимает ведущую позицию в экономическом потенциале Карачаево-Черкесии, здесь производится порядка 56% промышленной продукции республики, вводится 56% общей площади жилых домов и формируется более 76% общего оборота потребительского рынка.
В городе действуют около трех тысяч организаций и предприятий. Наиболее известные из них - автомобильный завод «Дервейс», группа компаний «Меркурий», ОАО «Черкесский завод резиновых технических изделий», фабрика по переработке шерсти и производству пряжи ООО «Квест-А», ОАО «Холодмаш», ОАО «Каскад», ООО «ЮГ-ойл-ПЛАСТ», ООО «Бумфа Групп», ЗАО ПТШФ «Ине», ЗАО «Висма», ЗАО «Аквалайн», ОАО РАПП «Кавказ-мясо», ОАО «Юг-Молоко», ООО «Хладокомбинат», ООО «Черкесскхлеб», Кондитерская фабрика «Даханаго».
Систему муниципального образования составляют 21 дошкольное учреждение, 18 общеобразовательных и учреждений дополнительного образования, куда ежедневно приходит более 25 тыс. детей.
Городское здравоохранение включает в себя 6 муниципальных учреждений, из которых 5 оказывают медицинскую помощь населению и Дом ребенка специализированный - для оказания медицинской и социальной помощи детям, оставшихся без попечения родителей.
Весной 2015 года независимые эксперты провели опрос горожан об условиях жизни в Черкесске. На вопросы ответило около 250 жителей республиканского центра различных социальных групп и возрастов. Более двух третей горожан считают, что Черкесск удобен для жизни, 74% опрошенных довольны благоустройством города, 64% - удовлетворены работой общественного транспорта, более половины – согласны с тем, что местная власть много делает для города.
